L'antica Fidentia sorse come accampamento romano lungo il percorso della Via Emilia. Per la sua posizione divenne poi un importante centro commerciale, rimanendolo per tutto il periodo di dominazione dell'impero romano, tanto che nel 41 a.C. fu insignita da Ottaviano della cittadinanza romana come Fidentia Julia e divenne municipio.
Con la caduta dell'Impero Romano d'Occidente cominciò un periodo buio per la città, tanto che il nome venne tramutato in Fidentiola. Venne decadde già nel corso del III e verrà ricordata semplicemente come Vicus e, successivamente, come "Borgo". Il nuovo nome, Borgo San Donnino, sembra risalire al 923 e verrà mantenuto per più di mille anni, fino al 1927. Fu quasi sempre oggetto di contese tra Parma e Piacenza, era infatti considerato un centro in grado di potersi sviluppare e "disturbare" sia l'una che l'altra, grazie alla sua posizione strategica sulla via Emilia e sulla Via Francigena.
Carlo Magno ebbe una forte devozione ricambiata, per San Donnino e fu uno dei più grandi benefattori della chiesa della città, donandole la sua villa regia di Fornio ed il pomo d'oro del proprio bastone per fonderlo e farne il nodo del calice. Fu proprio durante la dominazione di Carlo Magno che venne ritrovato il corpo del Santo.
Negli ultimi anni del XI secolo Borgo San Donnino divenne capitale d'Italia: Corrado di Lorena, figlio dell'Imperatore Enrico IV, si ribellò al padre alleandosi con il Papa Gregorio VII e Matilde di Canossa, scegliendo Borgo San Donnino come propria capitale dal 1092 al 1102. Sempre nel 1102 Fidenza diventò Comune, riconosciuto ufficialmente nel 1162 da Federico Barbarossa, che nominò l'Arciprete del Duomo Marco. In questo periodo fu riedificato il Duomo che verrà consacrato nel 1207. Nel 1199 la città fu nuovamente offesa da Parma ma nel 1221 Federico II, nipote di Federico Barbarossa, concederà a Borgo San Donnino di fregiarsi delle insegne imperiali. Borgo sarà fedele alla causa imperiale, ma venne presa dalla coalizione guelfa guidata dalla vicina città di Parma nel 1268, motivo per cui vennero bloccati i lavori di costruzione della facciata del duomo che restò incompiuta. La città lentamente fu ricostruita, e venne innalzata la Torre Salvaterra rivolta verso Parma. Successivamente fu soggetta ai Visconti per un secolo (1336 - 1447) ma in modo non continuo. Questi edificarono la parte più antica dell'attuale Municipio (1354), l'oratorio di San Giorgio e la porta di San Donnino.
Dopo la morte di Filippo Maria Visconti nel 1447, Fidenza rimase libera per un anno prima di essere controllata dagli Sforza fino al 1499. Fino la seconda metà del secolo successivo Borgo San Donnino passò continuamente de uno stato di libertà ad uno di sottomissione a Parma, fino al 1556. In questo anno divenne possedimento dei Farnese. Nel 1601 la chiesa di san Donnino divenne diocesi. Durante la dominazione farnese, Fidenza conobbe la peste del 1630, diffusasi velocemente in città anche per il grande numero di pellegrini che giornalmente arrivavano percorrendo la Via Francigena. Furono costruiti anche numerosi edifici come la Chiesa di San Pietro nel 1602, il palazzo vescovile accanto al duomo nel 1690, poi distrutto durante il bombardamento del 1944, il Collegio dei Gesuiti con la Chiesa (1697 - 1711) e il Collegio delle suore Orsoline (1710).
Nel 1731, alla morte di Antonio Farnese, si estinse la dinastia dei Farnese e Fidenza passò sotto il controllo dei Borbone, durato fino alla morte del Duca Ferdinando, nel 1802. Nello stesso anno cominciò il dominio napoleonico e la città carcò di riprendersi dalla decadenza in cui era scivolata nel periodo borbonico. La restaurazione che seguì la sconfitta di Napoleone l'impero austriaco l'affidò a Maria Luisa d'Asburgo-Lorena, moglie di Napoleone, che fece costruire un nuovo ponte sullo Stirone.
La Fidenza risorgimentale venne annessa al Regno Sabaudo, con una votazione in consiglio comunale, nel 1859. Il primo sindaco fu Giacomo Ronchei ed il primo deputato di Borgo San Donnino fu Giuseppe Verdi.Nel 1861 salutò il nuovo regno d'Italia inaugurando il Teatro municipale G. Magnani, vanto della città.
Molti giovani volontari partirono per combattere la prima guerra mondiale. Quelli che tornarono, come nel resto d'Italia, parteciparono o videro dall'esterno le grandi tensioni sociali di quel periodo. A Borgo San Donnino nacque la prima sede del partito comunista della Provincia di Parma, e l'anno successivo il primo fascio di combattimento, dopo l'uccisione del fascista Vittorio Bergamaschi.
Con l'avvento del fascismo, la città conobbe un periodo di sviluppo: furono costruite nuove scuole, la linea ferroviaria Fidenza - Salsomaggiore Terme, l'acquedotto, la piscina ed il trampolino olimpionico. Nel 1927, venne cambiato il nome in Fidenza, riconosciuto con regio decreto legge. Vi fu anche una buona ripresa economica .
Con i bombardamenti del 1944, 2 e 13 maggio, la città venne quasi completamente rasa al suolo, con la perdita della chiesa del quartiere Oriola ed il danneggiamento della rocca, poi abbattuta completamente per volere della nuova amministrazione. Nella primavera del 1945 fu teatro di alcune rappresaglie nazifasciste come l'eccidio delle Carzole e di via Baracca. La città fu liberata dagli alleati il 26 aprile 1945 ed insignita della medaglia di bronzo al valor civile nel 1960.
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